Bức tranh rạn san hô cạn tựa như “vườn đá nở hoa” có một không hai tại Hòn Yến. Tuy nhiên, đây lại là tài nguyên thiên nhiên nhạy cảm, dễ bị xâm hại. Bước chân của du khách đi trên thềm san hô, tạo thành đường mòn trên đá, có thể làm biến dạng, chết san hô và mất chỗ trú ngụ của các loài sinh vật biển. Do đó, chính quyền địa phương lưu ý các du khách cũng như nhiếp ảnh gia khi ngắm, chụp ảnh san hô lựa chọn vị trí hợp lý và tránh giẫm đạp lên chúng, cần đặt vấn đề bảo tồn san hô lên hàng đầu.
Sau khi khám phá Hòn Yến, du khách có thể “kết nối” với các danh thắng và di tích lịch sử khác dọc tuyến đường ven biển Phú Yên như Ghềnh Đá Đĩa, Cù lao Mái Nhà, đảo Hòn Chùa, Bãi Xép, Bãi Môn – Mũi Điện và Vũng Rô.
