Qua nhiều lần trùng tu, chùa Tôn Thạnh ngày nay là một tổng thể kiến trúc bao gồm tiền điện, chánh điện, nhà giảng, hành lang phía đông, hành lang phía tây…
Không gian chính là dãy nhà gồm tiền điện, chánh điện và hậu điện sát nhau theo kiểu “sắp đọi”, dạng kiến trúc phổ biến của đình chùa Nam Bộ. Công trình được xây dựng từ năm 2003 với vật liệu chủ yếu là gỗ, gạch, mái ngói lợp kiểu vảy cá.
